Molekylär analys av kolorektalcancer med NGS

Info
Ackrediterad:   
Remiss: Patologi 
Svarsfrekvens:  
Provtagningsmaterial

   -- Ej angivet --

Provtagning

Provmaterial: Biopsier, operationsmaterial

Analys sker på arkiverat histologiskt och cytologiskt material. Externa kliniker skickar glas och klots till Klinisk patologi, Lund. Alternativt skickas endast cytologiska glas varifrån allt material extraheras och glaset därmed förbrukas.

Provhantering, förvaring och transport

Ev. material skickas till Klinisk patologi, Lund.

Klinisk patologi vidareförmedlar remiss och material efter DNA/RNA-extraktion till Centrum för Molekylär Diagnostik (CMD) för analys.

Övrig information

Information om analysen

Molekylär analys av kolorektalcancer sker sedan januari 2015 i första hand med Next Generation Sequencing (NGS). Analyserna sker med s.k. genpaneler vilka motsvarar ett urval av gener relevanta för olika frågeställningar. Genpanelerna uppdateras efterhand för att tillmötesgå den ökande efterfrågan på analys av allt fler gener och frågeställningar där specifika genförändringar har ett behandlingsprediktivt, prognostiskt, diagnostiskt eller annat tumörbiologiskt värde.

Nytt sedan mars 2018 är att endast EN genpanel används (Oncomine Focus, Thermo Fisher Scientific) och de föregående genpanelerna har därmed tagits ur bruk. Den aktuella panelen analyserar mutationer i utvalda områden hos 35 cancerrelaterade gener. Denna panel kan, till skillnad från föregående paneler, även analysera förändringar av kopietal (genamplifieringar) i 19 gener samt förekomst av genfusioner från 23 gener. Genfusioner kräver analys av RNA vilket för närvarande inte är aktuellt för kolorektalcancer.

Genförändringar som analyseras och rapporteras rutinmässigt kolorektalcancer:
Mutationer (DNA-analys)
KRAS: exon 2-4: kodon 12, 13, 59, 61, 117 och 146
NRAS: exon 2-4: kodon 12, 13, 59, 61, 117 och 146
BRAF: kodon 600

Kopietalsvarianter (DNA-analys)
ERBB2 (HER2)

Om mutationsanalys redan utförts med panel som tagits ur bruk och jämförelse av genprofil önskas med nytt material rekommenderas förnyad analys av båda materialen (se specifikation av genpaneler nedan för jämförelse av analyserade gener).

I enstaka fall är mängd eller kvalitet på extraherat DNA otillräcklig för NGS. I dessa fall används RQ-PCR-analys som alternativ metod om frågeställningen gäller mutationer i BRAF.

Rapporteringen av mutationer är uppdelad i 1) genförändringar av säkerställd behandlingsprediktiv, diagnostisk eller prognostisk betydelse och 2) genförändringar av potentiell prediktiv eller annan tumörbiologisk betydelse. För den förstnämnda kategorin rapporteras såväl positiva som negativa fynd medan endast positiva fynd rapporteras för övriga gener och genregioner.

För Oncomine Focuspanelen krävs 5% muterade alleler, motsvarande ca 10% neoplastiska celler, för att falskt negativa fynd säkert ska kunna uteslutas. Vid analys av lägre allelfrekvenser rapporteras endast fynd som bedöms som säkerställt positiva. För kopietalsanalys krävs minst 50% muterade celler.

Analyserade gener fr.o.m. mars 2018 (Oncomine Focus, Thermo Fisher Scientific)

Mutationer (DNA-analys): AKT1, ALK, AR, BRAF, CDK4, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, FGFR2, FGFR3, GNA11, GNAQ, HRAS, IDH1, IDH2, JAK1, JAK2, JAK3, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RAF1, RET, ROS1, SMO.

Kopietal (DNA-analys): ALK, AR, BRAF, CCND1, CDK4, CDK6, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, KIT, KRAS, MET, MYC, MYCN, PDGFRA, PIK3CA.

Fusionsgener (RNA-analys): ABL1, ALK, AKT3, AXL, BRAF, EGFR, ERBB2, ERG, ETV1, ETV4, ETV5, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PPARG, RAF1, RET, ROS1

Detaljerad information om analyserade genregioner för Oncomine Focus

Tidigare genpaneler (inaktuella)

Jan 2015 - feb 2018: Ion Ampliseq™ Colon and Lung Cancer Panel v2 (Thermo Fisher Scientific).
Gener: AKT1, ALK ,BRAF, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB4, FBX7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, KRAS, MAP2K1, MET, NOTCH1, NRAS, PIK3CA, PTEN, SMAD4, STK11, TP53.
Jun 2016 - feb 2018: Ion Ampliseq™ Cancer Hotspot Panel v2 (Thermo Fisher Scientific)
Gener: ABL1, AKT1, ALK , APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MET, MLH1, MPL, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL

Jan 2015 - maj 2016 ThruSight Tumor panel (Illumina):
Gener: AKT1, ALK, APC, BRAF, CDH1, CTNNB1, EGFR, ERBB2, FBXW7, FGFR2, FOXL2, GNAQ, GNAS, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MSH6, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, SMAD4, SRC, STK11, TP53

Kontaktpersoner:

Klinisk patologi, Anders Edsjö 046-173511
CMD, Markus Heidenblad 046-173592

  Senast uppdaterad/signatur
2018-04-29/EC
 
Lägg till i listan
Endast för laboratoriet
Klinisk patologi, Labmedicin
Adress
Klinisk patologi,
Labmedicin
Sölvegatan 25
221 85 LUND
Kontakt
Telefon 046-173510 
Fax 046-143307 
E-post