|
Information om analysen
Molekylär analys av neoplasier sker sedan januari 2015 i första hand med Next Generation Sequencing (NGS). Analyserna sker med s.k. genpaneler vilka motsvarar ett urval av gener relevanta för olika frågeställningar. Genpanelerna uppdateras efterhand för att tillmötesgå den ökande efterfrågan på analys av allt fler gener och frågeställningar där specifika genförändringar har ett behandlingsprediktivt, prognostiskt, diagnostiskt eller annat tumörbiologiskt värde.
Nytt sedan mars 2018 är att endast EN genpanel används (Oncomine Focus, Thermo Fisher Scientific) och de föregående genpanelerna har därmed tagits ur bruk. Den aktuella panelen analyserar mutationer i utvalda områden hos 35 cancerrelaterade gener. Denna panel kan, till skillnad från föregående paneler, även analysera förändringar av kopietal (genamplifieringar) i 19 gener samt förekomst av genfusioner från 23 gener. Beroende på frågeställning kan man välja att analysera enbart DNA eller både DNA och RNA.
Om mutationsanalys redan utförts med panel som tagits ur bruk och jämförelse av genprofil önskas med nytt material rekommenderas förnyad analys av båda materialen (se specifikation av genpaneler nedan för jämförelse av analyserade gener).
I enstaka fall är mängd eller kvalitet på extraherat DNA otillräcklig för NGS. I dessa fall används RQ-PCR-analys som alternativ metod om frågeställningen gäller mutationer i EGFR eller BRAF. RQ-PCR analys används endast i undantagsfall (akuta fall) som primär analysmetod. I dessa fall kompletteras analysen med NGS.
Rapporteringen av mutationer är uppdelad i 1) genförändringar av säkerställd behandlingsprediktiv, diagnostisk eller prognostisk betydelse och 2) genförändringar av potentiell prediktiv eller annan tumörbiologisk betydelse. För den förstnämnda kategorin rapporteras såväl positiva som negativa fynd medan endast positiva fynd rapporteras för övriga gener och genregioner.
För Oncomine Focuspanelen krävs 5% muterade alleler, motsvarande ca 10% neoplastiska celler, för att falskt negativa fynd säkert ska kunna uteslutas. Vid analys av lägre allelfrekvenser rapporteras endast fynd som bedöms som säkerställt positiva. För kopietalsanalys krävs minst 50% muterade celler.
Analyserade gener fr.o.m. mars 2018 (Oncomine Focus, Thermo Fisher Scientific)
Mutationer (DNA-analys): AKT1, ALK, AR, BRAF, CDK4, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, FGFR2, FGFR3, GNA11, GNAQ, HRAS, IDH1, IDH2, JAK1, JAK2, JAK3, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RAF1, RET, ROS1, SMO.
Kopietal (DNA-analys): ALK, AR, BRAF, CCND1, CDK4, CDK6, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, KIT, KRAS, MET, MYC, MYCN, PDGFRA, PIK3CA.
Fusionsgener (RNA-analys): ABL1, ALK, AKT3, AXL, BRAF, EGFR, ERBB2, ERG, ETV1, ETV4, ETV5, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PPARG, RAF1, RET, ROS1
Detaljerad information om analyserade genregioner för Oncomine Focus
Tidigare genpaneler (inaktuella)
Jan 2015 - feb 2018: Ion Ampliseq™ Colon and Lung Cancer Panel v2 (Thermo Fisher Scientific).
Gener: AKT1, ALK ,BRAF, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB4, FBX7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, KRAS, MAP2K1, MET, NOTCH1, NRAS, PIK3CA, PTEN, SMAD4, STK11, TP53.
Jun 2016 - feb 2018: Ion Ampliseq™ Cancer Hotspot Panel v2 (Thermo Fisher Scientific)
Gener: ABL1, AKT1, ALK , APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MET, MLH1, MPL, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL
Jan 2015 - maj 2016 ThruSight Tumor panel (Illumina):
Gener: AKT1, ALK, APC, BRAF, CDH1, CTNNB1, EGFR, ERBB2, FBXW7, FGFR2, FOXL2, GNAQ, GNAS, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MSH6, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, SMAD4, SRC, STK11, TP53
Kontaktpersoner:
Klinisk patologi, Anders Edsjö 046-173511
|
